Temario
Los avances en las tecnologías de secuenciación, han permitido diseñar experimentos para estudiar genomas completos o patrones globales de expresión génica en uno o varios individuos. Dichos avances han tenido como resultado la generación de paquetes de datos de varios Gb de magnitud en una sola corrida de secuenciación. Para lograr procesar y analizar esta cantidad de información es indispensable recurrir a herramientas informáticas y algoritmos computacionales que den sentido a la información generada y permitan identificar elementos funcionales dentro de la inmensidad de secuencias arrojadas. Este curso esta diseñado para explorar la terminología básica relacionada a un experimento de secuenciación, analizar las distintas tecnologías de secuenciación disponibles, y dotar al participante con un amplio panorama sobre los distintos algoritmos empleados para la construcción de genomas y transcriptomas. Todo lo anterior a través de un ambiente propicio para la practica cotidiana y la familiarización con software especializado.
Objetivo
El objetivo de este curso es el de dotar al estudiante de las herramientas básicas para comprender el tipo de información que se obtiene de un experimento de secuenciación y los pasos que se deben seguir para obtener respuestas confiables a partir de los datos que dichos experimentos arrojan.
Objetivos específicos
1) Dominar la terminología relacionada a un experimento de secuenciación, 2) Reconocer el tipo de archivos generados en una corrida de secuenciación y identificar la información que contienen, 3) Familiarizarse con la linea de comandos dentro del ambiente LINUX, 4) Entender los algoritmos computacionales empleados para el ensamblado de genomas y transcriptomas, 5) Familiarizarse con software especializado para el ensamblado de genomas y transcriptomas.
Habilidades y destrezas
El alumno empleará software especializado para procesar y analizar datos provenientes de ensayos de secuenciación masiva.
Contenido temático
0. Sesión introductoria. 1. Plataformas de secuenciación NGS, 2. Tipos de librerías, diferencias en la química y el tipo de datos generados por cada plataforma, 3. Estructura de los genomas eucariotes y procariotes, 4. Estructura de un gene, DNA repetitivo, Eventos de duplicación de genomas completos (poliploidias), 5. Diferencias en los algoritmos utilizados para realizar el ensamblado de un Genoma, 6. Estándares de calidad y filtrado de secuencias, 7. Ensamblado de un genoma bacterianos, 8. Predicción de modelos génicos en organismos eucariotes y procariotes, 9. Anotación de genomas, 10. Programas y algoritmos empleados para el ensamblado de un transcriptoma, 11. Análisis de expresión diferencial.
